Productes

Recentment hem informat que el nucleòtid de pirè s'insereix preferentment davant d'un lloc abàsic, el 3'-T d'un dímer de timina i la majoria de les bases no danyades per l'ADN polimerasa de llevat eta (pol eta).Com que el pirè és una molècula no polar sense capacitat d'enllaç H, les eficiències inusualment altes de la inserció de dPMP s'atribueixen a la seva capacitat superior d'apilament de bases i subratllen la importància de l'apilament de bases en la selecció de nucleòtids per pol eta.Per investigar el paper de l'enllaç H i la geometria del parell de bases en la selecció de nucleòtids per pol eta, vam determinar les eficiències d'inserció dels nucleòtids modificats amb bases 2,6-diaminopurina, 2-aminopurina, 6-cloropurina i inosina que serien feu un nombre diferent d'enllaços H amb la base de la plantilla en funció de la geometria del parell de bases.L'aparellament de bases Watson-Crick sembla tenir un paper important en la selecció d'anàlegs de nucleòtids per a la inserció enfront de C i T, com ho demostra la disminució de les eficiències relatives d'inserció amb una disminució del nombre d'enllaços H de Watson-Crick i un augment de el nombre d'interaccions donant-donant i acceptor-acceptador.La selectivitat de la inserció de nucleòtids és més gran enfront del 5'-T que el 3'-T del dímer de timina, d'acord amb treballs anteriors que suggereixen que el 5'-T es manté més rígida que el 3'-T.A més, la inserció d'A enfront de les dues T del dímer sembla estar mediada per l'aparellament de bases Watson-Crick i no per l'aparellament de bases Hoogsteen basat en les eficiències d'inserció gairebé idèntiques d'A i 7-deaza-A, l'últim dels quals no té H- capacitat d'enllaç a N7.Les eficiències relatives per a la inserció de nucleòtids que poden formar parells de bases de Watson-Crick són paral·leles a les del fragment de Klenow, mentre que el fragment de Klenow discrimina més fortament els desajustos, d'acord amb la seva major selectivitat de forma.Aquests resultats subratllen la importància de l'enllaç H i la geometria del parell de bases de Watson-Crick en la selecció de nucleòtids tant per pol eta com pel fragment de Klen ow, i el menor paper de la selecció de forma en la inserció per poleta a causa de la seva obertura i menys obertura. lloc actiu restringit.