Productes

L'anàlisi dels esdeveniments de fosforilació a tot el proteoma segueix sent un repte analític important a causa de l'enorme complexitat de les xarxes de fosforilació de proteïnes.En aquest treball, avaluem la complementarietat de Lys-N, Lys-C i tripsina pel que fa a la seva capacitat de contribuir a l'anàlisi global del fosfoproteoma.Es va utilitzar una versió refinada d'intercanvi catiònic fort de pH baix per separar de manera eficient els pèptids acetilats, fosforilats i no modificats N-terminalment.Es van poder identificar un total de 5036 fosfopèptids no redundants amb una taxa de descobriment fals de <1% a partir d'1 mg de proteïna mitjançant una combinació dels tres enzims.Les nostres dades van revelar que la superposició entre els conjunts de dades de fosfopèptids generats amb diferents proteases era marginal, mentre que es va trobar que la superposició entre dos conjunts de dades tríptics generats de manera similar era almenys 4 vegades més gran.D'aquesta manera, l'ús paral·lel de Lys-N i tripsina va permetre un augment del 72% en el nombre de fosfopèptids detectats en comparació amb la tripsina sola, mentre que un experiment de rèplica de tripsina només va provocar un augment del 25%.Així, en centrar-nos només en les dades de tripsina i Lys-N, vam identificar 4671 fosfopèptids no redundants.Una anàlisi addicional dels llocs detectats va demostrar que els conjunts de dades de Lys-N i tripsina es van enriquir en motius de fosforilació significativament diferents, demostrant encara més que els enfocaments multiproteases són molt valuosos en les anàlisis de fosfoproteoma.